Arrêt de l'ensemble des services de la plateforme Migale à partir du lundi 3 avril 2017

La plateforme Migale sera indisponible du 3 au 10 avril 2017. Cette indisponibilité est dûe à l'arrêt du DataCenter Ile-de-France qui héberge l'infrastructure de la plateforme.

Merci d'avance de votre compréhension.

Pour toutes questions ou informations supplémentaires, merci de contacter help.migale@jouy.inra.fr.

Classification taxonomique


VersionMAJ

arb

none2003-08-22DownloadDoc
The ARB software is a graphically oriented package comprising various tools for sequence database handling and data analysis. A central database of processed (aligned) sequences and any type of additional data linked to the respective sequence entries is structured according to phylogeny or other user defined criteria.

Remarque
Run Unix # arbRun Web #

VersionMAJ

dotur

1.532007-08-30DownloadDoc
DOTUR est un programme qui prend en entrée une matrice décrivant les distances génétiques entre des séquences d'ADN pour les assigner à des unités taxonomiques opérationelles (OTUs). DOTUR utilise la composition des OTUs pour calculer des courbes de raréfaction et de collection pour évaluer l'intensité, la richesse et la diversité de l'échantillon.

Remarque
Run Unix # doturRun Web #

VersionMAJ

esprit

2009-07-07DownloadDoc
ESPRIT is a pipeline for estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences.

Remarque
Run Unix # esprit_pcRun Web #

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kaiju

1.4.22016-10-10DownloadDoc
Kaiju is a program for the taxonomic classification of metagenomic high-throughput sequencing reads. Each read is directly assigned to a taxon within the NCBI taxonomy by comparing it to a reference database containing microbial and viral protein sequences.

Remarque Citation Menzel P., Ng K.L., Krogh A. (2016) Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju. Nat. Commun. 7:11257
Run Unix # kaiju -t nodes.dmp -f kaiju_db.fmi -i reads.fastq [-j reads2.fastq]Run Web #

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rdp_classifier

2.22014-08-02DownloadDoc
Naive Bayesian Classifier for Rapid Assignment of rRNA Sequences into the New Bacterial Taxonomy.

Remarque Exemple : classifier testQuerySeq.fasta mon_result train052008/rRNAClassifier.properties ---Il faut préalablement avoir dans son home le repertoire train052008 http://downloads.sourceforge.net/rdp-classifier/RDPClassifier_train052008.tar.gz) (http://rdp.cme.msu.edu/tmp_download/train3.tar.gz)
Run Unix # classifierRun Web #

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