Analyse de génomes complets protéiques
| Version | MAJ | findtarget | ||
| none | 2004-05-15 | Download | Doc |
Findtarget est un outil de comparaison génomique qui permet de cibler des gènes d'intérêts chez un micro-organisme dont le génome est séquencé. Il utilise des données issues de blast.
Remarque
| Run Unix # | Run Web # http://migale.jouy.inra.fr/outils/findtarget.html |
| Version | MAJ | orthomcl | ||
| 1.4 | 2008-10-17 | Download | Doc |
OrthoMCl est un logiciel qui construit des clusters d'orthologue à partir de fichiers multifasta contenant des CDS.
Remarque Se placer dans le répertoire où se trouvent les données et lancer : orthomcl.pl --mode 1 --fa_files "Ath.fa,Hsa.fa,Sce.fa"
| Run Unix # orthomcl.pl | Run Web # |
| Version | MAJ | TribeMCL | ||
| mcl 1.006, 05-321 | 2005-12-01 | Download | Doc |
TribeMCL is a method for clustering proteins into related groups, which are termed 'protein families'. This clustering is achieved by analysing similarity patterns between proteins in a given dataset, and using these patterns to assign proteins into related groups.
Remarque
| Run Unix # mcl | Run Web # |
