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Analyse de génomes complets protéiques

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findtarget

none2004-05-15DownloadDoc
Findtarget est un outil de comparaison génomique qui permet de cibler des gènes d'intérêts chez un micro-organisme dont le génome est séquencé. Il utilise des données issues de blast.

Remarque
Run Unix # Run Web # http://migale.jouy.inra.fr/outils/findtarget.html

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orthomcl

1.42008-10-17DownloadDoc
OrthoMCl est un logiciel qui construit des clusters d'orthologue à partir de fichiers multifasta contenant des CDS.

Remarque Se placer dans le répertoire où se trouvent les données et lancer : orthomcl.pl --mode 1 --fa_files "Ath.fa,Hsa.fa,Sce.fa"
Run Unix # orthomcl.plRun Web #

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TribeMCL

mcl 1.006, 05-321 2005-12-01DownloadDoc
TribeMCL is a method for clustering proteins into related groups, which are termed 'protein families'. This clustering is achieved by analysing similarity patterns between proteins in a given dataset, and using these patterns to assign proteins into related groups.

Remarque
Run Unix # mclRun Web #