Arrêt de l'ensemble des services de la plateforme Migale à partir du lundi 3 avril 2017

La plateforme Migale sera indisponible du 3 au 10 avril 2017. Cette indisponibilité est dûe à l'arrêt du DataCenter Ile-de-France qui héberge l'infrastructure de la plateforme.

Merci d'avance de votre compréhension.

Pour toutes questions ou informations supplémentaires, merci de contacter help.migale@jouy.inra.fr.

Assignation de structure 2D


VersionMAJ

dssp

2.0.3DownloadDoc
DSSP permet de définir les structures secondaires dans les protéines à partir des fichiers PDB

Remarque
Run Unix # dsspRun Web #

VersionMAJ

ESAP

1.0DownloadDoc
Programme de prediction de la conformation de boucles dans les proteines.

Remarque
Run Unix # Run Web #

VersionMAJ

kaksi

2.3rc12008-07-01DownloadDoc
Kaksi est un outil d'assignation des structures secondaires. D'après un fichier PDB contenant les coordonnées atomiques d'une protéine, kaksi définit la position des hélices alpha et des feuillets beta. La méthode d'assignation utilise les distances entre carbones alpha et les angles dièdres phi/psi du squelette protéique. Un calcul d'axes permet d'assurer la régularité des hélices assignées : une hélice présentant un coude sera décrite sous la forme de deux hélices distinctes. Les paramètres de détection -valeurs tolérées pour les distances et les angles- peuvent être modifiés en ligne de commande (se reporter à Martin et al, BMC Structural Biology 2005 pour une discussion détaillée du choix des paramètres). Les résultats sont retournés à l'utilisateur sous forme d'un fichier xml. Un utilitaire permettant d'extraire les principales informations au format fasta est fourni avec le programme.

Remarque
Run Unix # kaksi -pf my_pdb_file.pdbRun Web #

VersionMAJ

stride

2005-12-12DownloadDoc
STRIDE = Protein secondary structure assignment from atomic coordinatessSTRIDE is a program to recognize secondary structural elements in proteins from their atomic coordinates.

Remarque
Run Unix # strideRun Web #

VersionMAJ

Vienna

1.8.42010-12-02DownloadDoc
The Vienna RNA Package consists of a C code library and several stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary structures. RNA secondary structure prediction through energy minimization is the most used function in the package. We provide three kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction: the minimum free energy algorithm of (Zuker & Stiegler 1981) which yields a single optimal structure, the partition function algorithm of (McCaskill 1990) which calculates base pair probabilities in the thermodynamic ensemble, and the suboptimal folding algorithm of (Wuchty et.al 1999) which generates all suboptimal structures within a given energy range of the optimal energy. For secondary structure comparison, the package contains several measures of distance (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing (Shapiro & Zhang 1990). Finally, we provide an algorithm to design sequences with a predefined structure (inverse folding).

Remarque
Run Unix # Run Web #

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