Arrêt de l'ensemble des services de la plateforme Migale à partir du lundi 3 avril 2017

La plateforme Migale sera indisponible du 3 au 10 avril 2017. Cette indisponibilité est dûe à l'arrêt du DataCenter Ile-de-France qui héberge l'infrastructure de la plateforme.

Merci d'avance de votre compréhension.

Pour toutes questions ou informations supplémentaires, merci de contacter help.migale@jouy.inra.fr.

Outils de calcul numérique


VersionMAJ

Dizzy

1.11.42007-09-04DownloadDoc
Simulation de systèmes stochastiques.

Remarque An article describing Dizzy has been published, Ramsey S., Orrell D. and Bolouri H. Dizzy: stochastic simulation of large-scAn article describing Dizzy has been published, Ramsey S., Orrell D. and Bolouri H. Dizzy: stochastic simulation of large-scale genetic regulatory networks. J. Bioinf. Comp. Biol. 3(2) 415-436, 2005.ale genetic regulatory networks. J. Bioinf. Comp. Biol. 3(2) 415-436, 2005.
Run Unix # DizzyRun Web #

VersionMAJ

JAGS

3.4.02013-12-17DownloadDoc
JAGS is Just Another Gibbs Sampler. It is a program for analysis of Bayesian hierarchical models using Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulation not wholly unlike BUGS. JAGS was written with three aims in mind: To have a cross-platform engine for the BUGS language To be extensible, allowing users to write their own functions, distributions and samplers. To be a plaftorm for experimentation with ideas in Bayesian modelling

Remarque
Run Unix # jagsRun Web #

VersionMAJ

Julia

0.5.02017-02-08DownloadDoc
Julia is a high-level, high-performance dynamic programming language for technical computing, with syntax that is familiar to users of other technical computing environments. It is a very performant programming language somehow similar to R, Matlab or Python, but with performances approaching those of C/Fortran.

Remarque
Run Unix # juliaRun Web #

VersionMAJ

mcl

12-0682013-08-22DownloadDoc
The MCL algorithm is short for the Markov Cluster Algorithm, a fast and scalable unsupervised cluster algorithm for networks (also known as graphs) based on simulation of (stochastic) flow in graphs.

Remarque
Run Unix # mcl <-|file name> [options], do 'mcl -h' or 'man mcl' for helpRun Web #

VersionMAJ

memrec

1.112014-11-12DownloadDoc
The memrec (memory usage recorder) script is a tool we've written to watch the memory usage of a program.

Remarque
Run Unix # memrec [opts] progRun Web #

VersionMAJ

R

3.1.12014-08-08DownloadDoc
R is a language and environment for statistical computing and graphics. In the context of the analysis of genomic data, R includes some statistical packages for clustering, linear model, anova, ...(downloaded from the CRAN). There is also others packages dedicated for the microarray analysis (downloaded from the CRAN). The last the R-project about bioanalysis is named bioconductor (http://www.bioconductor.org/) for the analysis and comprehension of genomic data. The packages anapuce and varmixt developped by the team Statistique et génome (OMIP department INA P-G & INRA - http://www.inapg.fr/ens_rech/mathinfo/recherche/mathematique/outil.html) for differential analysis are also available on the platform.

Remarque Pour avoir l'aide #help.start(browser="mozilla") ou tout autre navigateur non deja utilise (ouvert)
Run Unix # RRun Web #

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SAS

9.22010-12-16DownloadDoc
SAS - Statistical Analysis System

Remarque
Run Unix # sasxRun Web #

VersionMAJ

scilab

4.1.22007-11-29DownloadDoc
Scilab est un logiciel de calcul numérique scientifique qui fournit un puissant environnement de développement pour les applications scientifiques et l’ingénierie.

Remarque
Run Unix # scilabRun Web #

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SvcR

1.1DownloadDoc
SvcR est une implémentation d'un algorithme de clustering basé sur la recherche d'un séparateur dans un espace de caractéristiques entre des points décrits dans un espace de données. Le format de données est défini par une table attribut/valeur (matrice). Les données sont transformées grace à un noyau dans l'espace des caractèristiques en un cluster unique délimité par un rayon de boule et des vecteurs support. On peut utilisé le rayon de cette boule dans l'espace des données pour reconstruire la frontière formant maintenant plusieurs clusters.

Remarque
Run Unix # Run Web #

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