Banques de données

Banques de données

La plateforme propose un certain nombre de banques de données dites « généralistes » mais également sur demande des utilisateurs des banques plus dédiées à leur thématique (http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/install-banque).

Toutes ces banques étant publiques nous les mettons à disposition de tous afin d’éviter à chacun de télécharger les mêmes banques et par conséquent d’augmenter le volume de stokage.

Elles sont consultables au travers de l'interface BioMAJ Watcher.

Processus de mises à jour

L'ensemble du processus de mise en ligne des données de la plateforme est supervisé par le moteur de WorkFlow BioMAJ. Les informations sur les dernières mises à jour sont accessibles en ligne.

Les banques sont téléchargées depuis les sites « originaux » à fréquences régulières. Elles sont ensuite formatées et indexées pour pouvoir être utilisées par l'ensemble des outils de la plateforme (fasta, blast...).

En cliquant sur le nom d'une banque depuis l'interface, apparaissent différentes informations sur celle-ci (dernière mise à jour  « Last modification », version « Release », emplacement sur migale « Production directory », adresse de téléchargement « URL », etc...

 


Dernière mises à jour des versions relationnelles des banques généralistes

 Prose est une version relationelle de la banque de données Uniprot. La dernière mise à jour est visible sur la page d'accueil de Prose, dans la section "Database Release"

 Micado est une version relationnelle de la banque de données Genbank (sous partie consacrée aux génomes microbiens). La dernière mise à jour est visble sur la page d'accueil de Micado, dans la partie "Microbial sequences"

 

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