Utilisation du portail Galaxy

Ce tutoriel est dédié à l'utilisation du portail Galaxy de la plateforme Migale.

Vous trouverez ci-dessous le sommaire de ce tutoriel avec les principales choses à connaître sur Galaxy afin de commencer à travailler au sein de son interface web.

Le portail Galaxy

Le portail Galaxy est une interface web que l'on peut décomposer en 4 grandes zones :

  • - la zone "outils mis à disposition" qui fournit une liste des outils mis à disposition avec une barre de recherche
  • - la zone "visualisation des formulaires de saisie et des résultats" qui permet de visualiser les formulaires de saisie mais aussi les résultats
  • - la zone "historique" qui fournit un accès à l'ensemble des données
  • - la zone "menu principal" qui fournit une barre de menus

Connexion

Le portail Galaxy de la plateforme Migale est accessible via http://migale.jouy.inra.fr/galaxy/.

Afin de vous y connecter, vous devez avoir des identifiants sur la plateforme Migale.

Si ce n'est pas le cas, il vous suffit d'en faire la demande via le formulaire mis à votre disposition via http://migale.jouy.inra.fr/?q=demande-compte.

 

Import de données

Afin d'importer vos données au sein de l'interface Galaxy, plusieurs possibilités s'offrent à vous :

La sexrion d'import dans la liste des outils mis à disposition se nomme "Get Data".

Voici le formulaire d'import de données à partir du serveur Migale.

Si votre fichier se trouve sur le serveur, à cet emplacement : /projet/mig/save/sderozier/galaxy_data/contigs.fa, il vous suffit de préciser le chemin complet (répertoire et nom du fichier) dans "Path to file in the Migale server".

Remarque : chaque utilisateur Galaxy de Migale a à sa disposition son propre répertoire de données pour Galaxy (exemple : /projet/extern/save/[identifiant_migale]/galaxy_data).

 

Historique

Pour renommer un historique, il vous suffit de double cliquer sur son nom, de saisir le nouveau nom que vous souhaitez et de taper sur la touche "Entrée" de votre clavier.

L'ensemble des actions disponibles pour la gestion de vos historiques est accessible via le symbole en haut à droite de votre historique. Vous pourrez ainsi créer un nouvel historique via "Create New" et accéder à l'ensemble de vos historiques via "Saved histories".

 

Les données

Les données se visualisent dans la partie centrale de l'interface Galaxy.

Au sein de l'historique, il est possible d'agir aisément sur les données. En effet, on visualise les données via le symbole représentant un oeil, on édite via le symbole représentant un crayon et on supprime avec le symbole représentant une croix. L’édition via le symbole représentant un crayon permet de changer le nom du fichier en passant par l’onglet « Attributes », d’affiner le type de données en passant par l’onglet « Datatype », de convertir le type de format en passant par l’onglet « Convert Format » (cf. figure ci-dessous).

Le menu accessible via le symbole en haut à droite de l'historique permet d’accéder à de nombreuses actions sur les données telles que la suppression des données présentes dans un historique via « Delete Permanently » mais aussi la copie de données via « Copy Datasets ».
 
 

Exécution d'un outil

Afin d’exécuter un outil, il faut le sélectionner dans la liste d’outils présente dans la partie gauche de l’interface. Pour ceci, on peut naviguer au sein de la liste mais aussi utiliser la barre de recherche. Pour sélectionner l’outil à utiliser, il suffit de cliquer sur son nom. Le formulaire apparaît ainsi dans la zone centrale de l’interface Galaxy.
 
 
Le bouton « Execute » permet d’exécuter l’outil sur les serveurs de la plateforme Migale. Une fois, le job envoyé, les fichiers de données apparaissent sous forme de blocs dans
l’historique. Ils sont gris lorsqu’ils sont en attente, jaunes lorsqu’ils sont en cours d’exécution, verts lorsque l’exécution du job s’est déroulée de manière correcte et rouges
lorsqu’il y a eu un problème à l’exécution.
 
 
Le symbole représentant deux flèches permet de revenir au formulaire de saisie afin d’éventuellement relancer l’outil en modifiant certaines paramètres.
 
 

Quotas et demande d'intégration d'outils

Par défaut, chaque utilisateur Galaxy de la plateforme Migale dispose d’un espace de travail de 20 Go. Cependant, il est possible de demander une extension provisoire de cette espace via galaxy-help@jouy.inra.fr en précisant l’espace que vous désirez, le temps de mise à disposition de cet espace et ce à quoi il va vous servir.
 
Actuellement, la plateforme Migale met à disposition un certain nombre d’outils. Il est possible de demander des intégrations d’outils via le formulaire suivant http://migale.jouy.inra.fr/?q=demande-galaxy.
 
Pour toutes demandes d’aide ou interrogations concernant le portail Galaxy de la plateforme Migale, vous pouvez nous contacter via galaxy-help@jouy.inra.fr.