Interfaces web

Topaze est le serveur web de la plateforme Migale. Différents types d'applications sont hébergées sur celui-ci :

 

  • des applications web co-développées :
    • GPCRautomodel, serveur ayant pour but de modéliser les récepteurs olfactifs à partir de leur séquence en acides aminés et d'effectuer des simulations d'amarrage de ligands sur les structures résultantes.
    • DOMIRE, serveur utilisant le programme VAST (comparaison des structures 3D des protéines) afin de définir les limites des domaines structuraux dans les protéines à partir de leurs coordonnées atomiques.
    • Portail IGO, site web permettant l'intégration de MICADO, MOSAIC, PAREO, PROSE, Insyght, ...

 

  • des applications web hébergées :
    • AGMIAL, plateforme en accès libre pour l'annotation de génomes microbiens.
    • B. subtilis Expression Data Browsernavigateur web pour les données d'expression de B. subtilis.
    • CIRM, centre international de ressources microbiennes - levures.
    • CompaGB, application web qui permet d'évaluer et de comparer les Genomes Browsers sous forme de tableaux ou de graphiques.
    • FunyBASE, base de données dédiée à l'analyse et à la classification des protéines homologues extraites des génomes complets fongiques.
    • Insyght, outil de visualisation s'appuyant sur un entrepôt de données génomiques, permettant d'analyser les homologies, les synthénies et les régions génomiques idiosyncratiques à l'échelle de plusieurs organismes.
    • MICADO, base de données relationnelle dédiée aux génomes microbiens.
    • MOSAIC, base de données relationnelle qui permet de comparer des génomes bactériens d'une même espèce et de définir le squelette et les boucles.
    • MuGeN, outil intéractif permettant une exploration dans plusieurs génomes annotés complétés par des résultats d'analyse in silico.
    • PAREO, base de données relationnelle intégrant les connaissances sur les voies métaboliques issues de la base japonaise Kegg.
    • Phagonaute, interface web permettant d'examiner la synténie locale entre 876 génomes de phages (et 40 virus d'archées).
    • PROSE, base de données relationnelle qui gère les séquences protéiques issues de SwissProt et trEMBL.
    • S. aureus Expression Data Browser, navigateur web pour les données d'expression de S. aureus.
    • YeastIP, base de données contenant la majorité des codes barres de toutes les espèces du sous phylum Saccharomycotina.