Portail Galaxy

Un portail Galaxy est mis à disposition au sein de la plateforme Migale.

I. Description

Galaxy est une plateforme qui propose une « constellation » d’outils pour analyser, manipuler et visualiser des données génomiques, sans avoir besoin de connaissance en programmation. Elle est développée par The Center for Comparative Genomics and Bioinformatics. L’utilisateur peut réaliser quatre grands types d’opérations :

  • manipulation de fichiers : ajout ou suppression de colonnes, trier les fichiers, concaténer plusieurs fichiers, comparaison de listes, …
  • opérations sur les données : sommer, moyenner, soustraire, calculer la couverture d’une région déterminée, …
  • analyse de séquences : calculer des corrélations, utiliser des outils d’EMBOSS, aligner les données de séquençage, …
  • visualisation des données : afficher des alignements multiples, générer des graphiques, …

II. Accessibilité

Galaxy est accessible à l'URL suivante : http://migale.jouy.inra.fr/galaxy/.

III. Authentification

Une authentification est obligatoire pour accéder au portail Galaxy. Afin de vous connecter, un compte sur la plateforme Migale est nécessaire. Si vous n'avez pas de compte utilisateur sur la plateforme Migale, vous avez la possibilité d'en demander la création via ce formulaire.

IV - Mise à disposition d'outils

Différents outils ont été intégrés au sein de ce portail ; en voici la liste. Vous pouvez faire une demande d’intégration d’outils via le formulaire mis à votre disposition.

V - Espace de travail

Après connexion, un espace de travail est accessible et est limité au stockage de 20 Go. Il est possible de faire une demande afin d’augmenter cet espace via galaxy-help@jouy.inra.fr.

VI - Formation

La plateforme Migale propose une formation à l'outil Galaxy sur une journée (Cf. Cycle bioinformatique par la pratique).

Une documentation est accessible via l'URL suivante : http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/tutoriel-galaxy.