Projet "Expression Data Browser"

L’exploration du paysage transcriptionnel bactérien a été rendu possible par l’utilisation de puces de type Array. Elle a permis l’amélioration de l’annotation structurale de génomes comme Bacillus subtilis (Nicolas et al., 2012) ou Staphylococcus aureus (Mäder et al., 2016) mais également la découverte de nombreux mécanismes de régulation. Le traitement systématique et automatique de ces données le long des génomes ne peut suffire. Les outils de visualisation sont très importants pour mettre au point les méthodes automatiques de traitement, valider et interpréter leurs résultats et mettre les données à disposition de la communauté des biologistes concernés.

Jusqu’à présent la visualisation des profils de transcription chez B. subtilis et S. aureus reposait sur un pré-calcul des représentations graphiques générées avec MuGeN (Hoebeke et al., 2003 ; http://genome.jouy.inra.fr/seb/ ; http://genome.jouy.inra.fr/aeb/). Ceci limitait fortement l’interactivité proposée à l’utilisateur par l’interface de navigation, notamment vis-à-vis de l’exploration des conditions biologiques.

Dans ce contexte, une collaboration entre l’équipe StatInfOmics et la plateforme bioinformatique Migale de l’unité MaIAGE s’est mise en place afin de proposer une nouvelle version de l’interface d’exploration des données. L'apport de ce nouvel outil de visualisation vise principalement à permettre une représentation graphique générée en temps réel après sélection par l’utilisateur des conditions, des codes couleurs et des méthodes de normalisation.

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