Comment faire le lien vers mon fichier présent sur le serveur Migale ?

En premier lieu, il faut que votre fichier d'intérêt se trouve sur le serveur Migale. Si ce n'est pas le cas, différents outils vous permettent de faire ceci facilement selon votre environnement :

Remarques importantes :

  • les répertoires où se trouvent vos fichiers doivent être accessibles en lecture et exécution,
  • vos fichiers doivent être accessibles en lecture.

Voici deux manières de procéder pour vérifier et modifier les droits d'un fichier/d'un répertoire :

  • sous Linux :
    • la commande ls -l permet de voir les droits sur votre fichier/répertoire.
    • la commande chmod 755 fichier/répertoire permet de modifier les droits de manière correcte sur le fichier/répertoire. La commande chmod -R 755 répertoire permet de modifier les droits de manière correcte sur le répertoire ainsi que tous les sous-répertoires et fichiers contenus.
  • sous Windows via WinSCP
    • un clique droit sur votre fichier/répertoire ainsi que sur le menu Propriétés vous donne accès aux permissions attribuées sur celui-ci. Afin de les modifier, il vous suffit de cocher les cases nécessaires (propriétaire : RWX, groupe : RX, autre : RX). Si vous souhaitez appliquer le récursif, cochez la case Appliquer récursivement le groupe, le propriétaire et les permissions.

Une fois votre fichier présent sur le serveur Migale avec les droits nécessaires, l'outil Upload file from Migale disponible dans la section Get Data de Galaxy va vous permettre de l'intégrer au sein de l'interface. Voici un exemple pour le fichier test.fasta présent dans le répertoire /projet/mig/galaxy/ :

  • Galaxy File Name : ce champ facultatif vous permet de nommer votre fichier au sein de l'interface Galaxy. Pour notre exemple, on laissera ce champ vide.
  • File type : ce champ obligatoire permet de définir le format de votre fichier (exemple : fasta, fastq, ...). Pour notre exemple, on choisira fasta.
  • Path to file in the Migale server : ce champ obligatoire permet de donner le chemin absolu vers votre fichier (remarque : nom du fichier et extension compris). Pour notre exemple, on saisira /projet/mig/galaxy/test.fasta
  • Genome : ce champ facultatif vous permet de choisir un génome de référence. Pour notre exemple, on laissera ce champ vide.

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