Frequently Asked Questions - Utilisation du serveur Migale

Une fois connecté sur le serveur migale, le changement de mot de passe s'effectue avec la commande passwd

Ce mot de passe doit être individuel, suffisamment complexe et d'une taille de 8 caractères minimum

bash$ passwd

Changing password for user stage01.

Changing password for stage01

(current) UNIX password:

New password:

Retype new password:

passwd: all authentication tokens updated successfully.

 

Sous Windows, utilisez une application de transfert de fichiers comme WINSCP

Sous Linux, utilisez une des commandes suivantes:

Si XXX est votre identifiant 

la commande rsync pour un fichier:
rsync -av path_on_desktop/file.ext XXX@migale.jouy.inra.fr:/path_on_server/

la commande rsync pour un répertoire:
rsync -av path_on_desktop/directory XXX@migale.jouy.inra.fr:/path_on_server/

la commande scp pour un fichier:
scp path_on_desktop/file.ext XXX@migale.jouy.inra.fr:/path_on_server/

la commande scp pour un répertoire:
scp -r path_on_desktop/directory XXX@migale.jouy.inra.fr:/path_on_server/

 

La commande df (disk free) affiche des informations sur l’espace global sur un serveur à savoir la place utilisée et disponible

df -h /path_to_my_directory/

La commande du (disk usage) affiche les tailles des répertoires et sous-répertoires

du -sh /path_to_my_directory/
du -sh /path_to_my_directory/*

 

Pour chacun des outils suivants :

  • dadi
  • fastqp
  • micca
  • pbh5tools
  •  pipits
  •  qiime
  •  eLSA
  • khmer
  • multiqc
  • picrust ;
  • poretools

 nous utilions des environnements virtuels Python isoles (virtualenv).

L'avantage majeur est de pouvoir garder les dépendances requises par différents outils dans des emplacements séparés. Cela résout le dilemme “l'outil X dépend de la version 1.x mais l'outil Y nécessite la 4.x”.

L'utilisation de ces outils reste la meme, simplement il faut "charger/activer" cet environnement virtuel propre a l'outil pour pouvoir le lancer. Pour vous simplifier cette etape nous avons suffixe les outils concernés par _env
ainsi pour qiime il faut  taper :

[vmartin@migale ~]$ qiime_env

#########################################################################
         Vous utilisez un environnement Virtuel pour QIIME

  Pour le quitter et utiliser les autres outils tapez : deactivate
#########################################################################

(qiime-1.9.1) [vmartin@migale ~]$


Pour les utilisateurs avertis qui lancent sur le clusteur voici un exemple de la syntaxe a utiliser est : source qiime.env comme dans l'exemple suivant.

qsub -cwd -V -N testqiime -b y "source qiime.env && print_qiime_config.py && deactivate"

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by Dr. Radut