Frequently Asked Questions - Utilisation du portail Galaxy

Le portail Galaxy de la plateforme Migale est accessible à l'URL suivante : http://migale.jouy.inra.fr/galaxy.

Afin de vous y connecter, il est nécessaire d'avoir un compte sur la plateforme Migale. Si vous n'en avez pas, il est possible d'en faire la demande via le formulaire mis à votre disposition à l'URL suivante : http://migale.jouy.inra.fr/?q=demande-compte.

Si vous rencontrez un problème, vous pouvez nous contacter via galaxy-help@jouy.inra.fr.

L'interface Galaxy ne permet pas de télécharger des fichiers de taille supérieure à 2Go via l'upload traditionnel (outil "Upload File from your computer").

Plusieurs possibilités s'offrent donc à vous :

  • vos données sont accessibles via une URL : il vous suffit de mettre l'URL dans l'encadré "URL/Text:",
  • vos données sont accessibles via un serveur FTP : il vous suffit de mettre l'URL FTP dans l'encadré "URL/Text:".

Si ce sont des données personnelles non accessibles par le web, il faut les transférer sur notre serveur Migale dans votre espace de travail (exemple : /projet/ville/identifiant/).

Différents outils vous permettent de faire ceci facilement selon votre environnement :

Pour faire votre upload, vous n'utiliserez donc plus l'outil "Upload File from your computer" mais "Upload local File" où il faudra renseigner le chemin vers votre fichier dans "Path to file:" (exemple : /projet/ville/identifiant/file.fastq).

Remarques importantes :

  • les répertoires où se trouvent vos fichiers doivent être accessibles en lecture et exécution,
  • vos fichiers doivent être accessibles en lecture.

Pour toutes questions supplémentaires, veuillez contacter galaxy-help@jouy.inra.fr.

En premier lieu, il faut que votre fichier d'intérêt se trouve sur le serveur Migale. Si ce n'est pas le cas, différents outils vous permettent de faire ceci facilement selon votre environnement :

Remarques importantes :

  • les répertoires où se trouvent vos fichiers doivent être accessibles en lecture et exécution,
  • vos fichiers doivent être accessibles en lecture.

Voici deux manières de procéder pour vérifier et modifier les droits d'un fichier/d'un répertoire :

  • sous Linux :
    • la commande ls -l permet de voir les droits sur votre fichier/répertoire.
    • la commande chmod 755 fichier/répertoire permet de modifier les droits de manière correcte sur le fichier/répertoire. La commande chmod -R 755 répertoire permet de modifier les droits de manière correcte sur le répertoire ainsi que tous les sous-répertoires et fichiers contenus.
  • sous Windows via WinSCP
    • un clique droit sur votre fichier/répertoire ainsi que sur le menu Propriétés vous donne accès aux permissions attribuées sur celui-ci. Afin de les modifier, il vous suffit de cocher les cases nécessaires (propriétaire : RWX, groupe : RX, autre : RX). Si vous souhaitez appliquer le récursif, cochez la case Appliquer récursivement le groupe, le propriétaire et les permissions.

Une fois votre fichier présent sur le serveur Migale avec les droits nécessaires, l'outil Upload file from Migale disponible dans la section Get Data de Galaxy va vous permettre de l'intégrer au sein de l'interface. Voici un exemple pour le fichier test.fasta présent dans le répertoire /projet/mig/galaxy/ :

  • Galaxy File Name : ce champ facultatif vous permet de nommer votre fichier au sein de l'interface Galaxy. Pour notre exemple, on laissera ce champ vide.
  • File type : ce champ obligatoire permet de définir le format de votre fichier (exemple : fasta, fastq, ...). Pour notre exemple, on choisira fasta.
  • Path to file in the Migale server : ce champ obligatoire permet de donner le chemin absolu vers votre fichier (remarque : nom du fichier et extension compris). Pour notre exemple, on saisira /projet/mig/galaxy/test.fasta
  • Genome : ce champ facultatif vous permet de choisir un génome de référence. Pour notre exemple, on laissera ce champ vide.

Si vous avez supprimé des données de votre historique mais que la taille de ce dernier n'a pas changé, voici la procédure à suivre :

  • cliquez sur le symbole représentant une roue dentelée en haut à droite de votre historique,
  • dans le menu, choisissez l'option Purge Deleted Datasets.

La taille de votre historique est alors modifiée.

L'espace de travail dédié par défaut est de 20 Go.

Il est possible de faire une demande auprès de galaxy-help@jouy.inra.fr afin d'augmenter la taille de cet espace.

Votre demande sera alors étudiée. Il est possible que la plateforme Migale prenne contact avec vous afin de connaître vos besoins.

Un formulaire de demande d'intégration d'outil au sein du portail Galaxy de la plateforme Migale est mis à votre disposition via cette URL : http://migale.jouy.inra.fr/?q=demande-galaxy.

Pour tous renseignements supplémentaires, veuillez contacter galaxy-help@jouy.inra.fr.

Menu principal

by Dr. Radut