Food-Microbiomes Transfert

Le projet Food-Microbiomes Transfert a pour but d'exploiter les données de séquençage métagénomique shotgun pour des écosystèmes fromagers afin d'en définir la composition. Grâce à un logiciel de mapping et une banque de génomes de référence, il permet la caractérisation des souches proches de ces génomes ainsi que la composition en gène de cet écosystème. L'intérêt de cette approche est d'explorer la composition des écosystèmes fromagers pour en faire ressortir l'impact technologiques et sanitaire ainsi que l'origine des microorganismes présents.

L'outil repose sur le logiciel GeDI qui permet d'effectuer les mapping  et une base de données de génomes de références enrichis en gènes ayant un intérêt technologique, grâce à des annotations expertes. Il doit permettre à l'utilisateur de choisi ses génomes de références et d'ajouter ses propres génomes pour permettre l'analyse de ses métagénomes. Son utilisation passe par une interface web permettant de choisir et gérer les génomes et analyses de manière simple et intuitive. Cette interface est enfin utile pour visualiser les résultats d'analyse de métagénome et permettre la comparaison d'analyses métagénomiques et par ce biais d'écosystèmes fromagers.

Menu principal

Page | by Dr. Radut