Arrêt de l'ensemble des services de la plateforme Migale à partir du lundi 3 avril 2017

La plateforme Migale sera indisponible du 3 au 10 avril 2017. Cette indisponibilité est dûe à l'arrêt du DataCenter Ile-de-France qui héberge l'infrastructure de la plateforme.

Merci d'avance de votre compréhension.

Pour toutes questions ou informations supplémentaires, merci de contacter help.migale@jouy.inra.fr.

GBrowse Truite arc-en-ciel

Une collaboration a été mise en place entre la plateforme Migale et l'équipe GenAqua de l'unité GABI afin de mettre en place une interface de visualisation pour les données du génome de la Truite arc-en-ciel. Cette collaboration a abouti au co-encadrement d'un stagiaire de DUT.

Description de l'application :

L’équipe GenAqua étudie l'organisation structurale et fonctionnelle du génome des salmonidés et en particulier celui de la truite arc en ciel afin de participer à une gestion efficace et durable des ressources génétiques aquacoles et d'en accroître l'efficacité. Nos activités de Recherche visent à développer les outils nécessaires à l'identification de gènes agissant sur la variabilité génétique des caractères quantitatifs d'intérêt aquacole.

L’unité MIG (Mathématique, Informatique et Génome) regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des physico-chimistes et des biologistes autour de l'analyse des génomes. Les missions de cette unité consistent à développer des méthodes et des outils d'analyse des génomes in silico mais aussi de participer à des projets de génomique choisis pour leur intérêt scientifique ou stratégique. Le rôle de l'unité est d'apporter aux biologistes impliqués dans ces programmes un soutien sur tous les aspects bioinformatiques. Outre ces collaborations avec des groupes de biologistes, l'unité met également à la disposition d'une communauté plus large des ressources matérielles et logicielles grâce au développement de la plateforme de bioinformatique Migale.

Objectif du projet :

  • mettre en place un Genome Browser de type GBrowse afin d'intégrer l'ensemble des données disponibles chez la truire arc-en-ciel.

L'accès à l'interface de visualisation est pour l'instant restreinte aux membres de l'équipe mais sera prochainement ouverte après publication des résultats.

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