Quelles sont les commandes disponibles pour utiliser le cluster ?

1. Mode batch

Le mode batch permet de soumettre des jobs sur le cluster de calcul. Ils sont ainsi gérés par le scheduler qui va les dispatcher sur les noeuds en fonction des ressources demandées et des disponibilités. La commande qsub est dédiée à ce type de soumission.

2. Mode interactif

Le mode interactif permet de se connecter directement sur un noeud du cluster de calcul et de lancer le traitement sans passer par le scheduler. La commande qlogin est disponible pour se connecter sur un noeud. Par défaut, qlogin est paramétré pour se connecter sur un noeud de la file long.q. Pour spécifier un noeud particulier, il faut échapper la commande et spécifier le noeud souhaité de cette façon :

\qlogin -l hostname=n55

 

3. Pourquoi choisir l'un plus que l'autre ?

En utilisant le mode batch, c'est SGE qui prend en charge les jobs soumis. Vous pouvez alors vous déconnecter de migale, vos jobs tournent sur le cluster. Un job_id est attribué au job, facilitant le monitoring pendant ou après la fin de l'exécution du job.

Le mode interactif est pratique pour tester la configuration d'exécution de vos jobs. Cela permet de tester l'outil que vous allez utiliser, de vérifier les variables d'environnement... Par contre, une déconnexion de la session entraîne la fin des exécutions en cours. Ce mode n'est pas recommandé pour lancer des jobs complets car les ressources du noeud ne sont alors pas soumises à la réservation par SGE. Il se peut que les capacités en CPU ou en mémoire du noeud soient dépassées et provoquent un ralentissement voire un crash.

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