Comment soumettre un job avec la commande qsub ?

La commande qsub permet de lancer sur le cluster l'exécution de lignes de commande.

1. Première solution :

Il faut préparer un fichier (script) contenant la (ou les) ligne(s) de commande. En cliquant sur ce fichier sge_blast.sh, vous aurez un exemple de script commenté pour l'utilisation de BLAST. Un numéro apparaîtra après la soumission vous donnant le numéro que SGE lui a attribué. Cet identifiant peut vous servir pour supprimer votre job ou suivre son bon déroulement.

Pour soumettre le job, il suffit de lancer la commande :

qsub sge_blast.sh

De nombreuses options sont disponibles pour paramétrer la façon de soumettre un job (lien vers options). Si la commande est encapsulée dans un script, l'ajout de paramètres se fait en ajoutant une ligne de ce type :

# Export de toutes les variables d'environnement
#$ -V

2. Deuxième solution :

Il est également possible de lancer un job sans avoir besoin d'utiliser un script contenant la ligne de commande. Il s'agit de l'option -b y :

qsub -cwd -V -S /bin/bash -N myblast -b y "blastall -p blastp -i test_seq.fasta -o test_seq.blast -d /db/blast/nr80/nr80"

 

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