Arrêt de l'ensemble des services de la plateforme Migale à partir du lundi 3 avril 2017

La plateforme Migale sera indisponible du 3 au 10 avril 2017. Cette indisponibilité est dûe à l'arrêt du DataCenter Ile-de-France qui héberge l'infrastructure de la plateforme.

Merci d'avance de votre compréhension.

Pour toutes questions ou informations supplémentaires, merci de contacter help.migale@jouy.inra.fr.

Analyse de données

L’arrivée d’Olivier Rué (recrutement MICA fin 2015) permet à la plateforme d’élargir ses missions en proposant à ses utilisateurs une collaboration, un accompagnement et/ou du conseil pour des projets d’analyse bioinformatique, en relation étroite avec le Métaprogramme MEM (Méta-omique des Écosystèmes Microbiens).

 

Cette offre de service, initialement centrée sur l’analyse de métagénomes par des approches gènes marqueurs se décline actuellement sous deux formes :

 

  • Formation et conseil : mise en place d’une formation dédiée à l’analyse bioinformatique et statistique de données de métabarcoding 16S-23S, en partenariat avec l’équipe de recherche StatInfOmics de l’unité MaIAGE, l’UMR MICALIS (INRA Jouy), l’unité GenPhySe et la plateforme Genotoul (INRA Toulouse). Une trentaine de personnes ont déjà été formées depuis janvier 2016. D’autres sessions seront proposées durant le prochain cycle de formation à la bioinformatique par la pratique de la plateforme Migale qui démarrera début 2017. L’outil bioinformatique que nous préconisons pour les analyses 16S est FROGS [https://github.com/geraldinepascal/FROGS]. Il est mis à disposition sur l’interface Galaxy de Migale. Des retours d'expérience et des tutoriels seront mis à disposition prochainement sur des thématiques méta-omiques.

 

  • Service d’analyse de données
  1. métabarcoding (gènes marqueurs : 16S - ITS ...)
  2. métagénomique shotgun
  3. métatranscriptomique shotgun

 

Nous travaillons actuellement sur des projets ciblés de métagénomique amplicons, de métagénomique et de métatranscriptomique shotgun. Ces projets nous permettront rapidement de partager des retours d’expérience sur des procédures d’analyse et des outils. Dès que ceux-ci seront suffisamment stabilisés, nous proposerons de la même manière que pour le metabarcoding 16S, une formation et une offre de service associée.

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