Virtualenv

Pour chacun des outils suivants :

  • dadi
  • fastqp
  • micca
  • pbh5tools
  •  pipits
  •  qiime
  •  eLSA
  • khmer
  • multiqc
  • picrust ;
  • poretools

 nous utilions des environnements virtuels Python isoles (virtualenv).

L'avantage majeur est de pouvoir garder les dépendances requises par différents outils dans des emplacements séparés. Cela résout le dilemme “l'outil X dépend de la version 1.x mais l'outil Y nécessite la 4.x”.

L'utilisation de ces outils reste la meme, simplement il faut "charger/activer" cet environnement virtuel propre a l'outil pour pouvoir le lancer. Pour vous simplifier cette etape nous avons suffixe les outils concernés par _env
ainsi pour qiime il faut  taper :

[vmartin@migale ~]$ qiime_env

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         Vous utilisez un environnement Virtuel pour QIIME

  Pour le quitter et utiliser les autres outils tapez : deactivate
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(qiime-1.9.1) [vmartin@migale ~]$


Pour les utilisateurs avertis qui lancent sur le clusteur voici un exemple de la syntaxe a utiliser est : source qiime.env comme dans l'exemple suivant.

qsub -cwd -V -N testqiime -b y "source qiime.env && print_qiime_config.py && deactivate"

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Faq | by Dr. Radut