Phagonaute

Le projet de développement autour de l'application Phagonaute a été mis en place dans le cadre d'un mini-projet et d'une collaboration entre la plateforme Migale et l'équipe Phages de l'unité MICALIS.

Descriptif de l'application :

Phagonaute est une interface web permettant d'examiner la synténie locale entre 876 génomes de phages (et 40 virus d'archées). Le point d'entrée est une protéine parmi les 82156 disponibles, ordonnées par génome et par hôte infecté. Les liens d'homologie sont précalculés avec HHsearch (comparaisons profils profils), et affichés selon le seuil de vraisemblance choisis par l'utilisateur. La taille de la fenêtre est aussi modulable. Enfin, l'onglet "about this site" explique plus précisément les fonctionnalités et options de l'outil, et le papier associé est sorti en mai 2016 dans Virology [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27254594].

Objectifs du mini-projet :

  • déporter les calculs effectués par l'application sur le cluster de calcul de la plateforme Migale,
  • mettre en place une page d'attente pour l'utilisateur pendant les calculs afin d'éviter un time-out.

Article :

Le papier décrivant cet outil a été publié en mai 2016 dans Virology [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27254594]

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