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Outils INRA

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CaliFlopp

3.02010-08-03DownloadDoc
CaliFloPP is a software that calculates flows of particles between pairs of polygons, when given a so-called individual dispersal function. The individual dispersal function describes the particle dispersion between pairs of points, and CaliFloPP deduces the total flows between pairs of polygons.

Remarque
Run Unix # califlopp -i polygons-filename [-p parameters-filename] [-r result-filename] Run Web #

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carthagene

1.22010-10-15DownloadDoc
CarthaGène is a genetic/radiated hybrid mapping software. CarthaGene looks for multiple populations maximum likelihood consensus maps using a fast EM algorithm for maximum likelihood estimation and powerful ordering algorithms. CarthaGène:

Remarque
Run Unix # carthageneRun Web #

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ESAP

1.0DownloadDoc
Programme de prediction de la conformation de boucles dans les proteines.

Remarque
Run Unix # Run Web #

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frost

0.4.32002-05-01DownloadDoc
Outils de reconnaissance de repliement

Remarque
Run Unix # Run Web # http://genome.jouy.inra.fr/frost

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GORIV

1.02008-01-21DownloadDoc
Méthode de prédiction de la structure secondaire des protéines à partir de la séquence en acides aminés.

Remarque
Run Unix # gorIVRun Web #

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MuGeN

200609192007-01-05DownloadDoc
MuGeN (Multi-Genome Navigator) est un outil interactif permettant une exploration dans plusieurs géomes annotés complets par des résultats d'analyse in silico. Il dispose également d'un mode d'exécution en mode batch lui permettant de servir de générateur d'images à divers formats. Ce mode de fonctionnement le prédispose à être intégré à des sites Web pour l'affichage de cartes physiques annotées. MuGeN is a software package for the visual exploration of multiple annotated genome portions. It is capable of simultaneously displaying genome portions loaded from various sources both local and remote and mix these with analysis result plots. It can also be used to generate images of these displays in a wide range of formats (PNG, PostScript, IMAP, XFig).

Remarque La commande : mugenv est suffisante pour lancer l'environnement graphique, mais elle ne charge aucun génome et les fenêtres paraîtront donc un peu vides. Plus fréquemment, on fera : mugenv /chemin/vers/un/fichier/genbank.gbk pour explorer le fichier en question. Les numéros de version de MuGeN correspondent à leur date de sortie, et sont affichées dans la barre titre de sa fenêtre graphique. La dernière en date est la 20040726 qui est celle installée sur topaze et adm.
Run Unix # mugenv ou mugenv /chemin/vers/un/fichier/genbank.gbkRun Web #

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PROSE

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The relational database PROSE contains protein sequences from Swissprot and Trembl

Remarque
Run Unix # Run Web # http://genome.jouy.inra.fr/prose

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RHOM

31.5DownloadDoc
R'HOM (Recherche de régions HOMogènes) est un programme pour la segmentation de séquences d'ADN en régions de composition homogènes par chaînes de Markov cachées. L'utilisateur choisi le nombre de type de composition différentes et la longueur des mots à prendre en compte. Les paramètres sont ensuite estimés par maximum de vraisemblance (algorithme EM) et la séquence est finalement segmentée avec l'algorithme forward backward. R'HOM a été initialement développé pendant la thèse de doctorat de Florence Muri et a été ensuite en grande partie ré-implémenté.

Remarque
Run Unix # rhom.emRun Web #

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rmes

3.1.02009-11-23DownloadDoc
Programme pour détecter des mots ou motifs ayant une fréquence statistiquement exceptionnelle dans une séquence biologique. (R'MES pour Recherche de Mots Exceptionnels dans les Séquences)

Remarque Voici ce qu'il y a de nouveau par rapport à la version 3.01 : Changements majeurs : - amélioration significative du temps de calcul dans le cas des approximations Gaussiennes, quelque soit l'ordre du modèle, - levée de la contrainte sur la taille des noms des familles de mots. Changements mineurs : - renommage des options de sélection de seuil dans l'outil de mise en forme des résultats (--minthresh et --maxthresh deviennent --tmin et --tmax), - modification de l'ordre de présentation pour les résultats de calcul de biais (triés selon le score, et non plus alphabétiquement). Pour toutes questions, contactez Sophie.Schbath@jouy.inra.fr
Run Unix # rmes [options] -s -o rmes --helpRun Web #

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SHOW

201111092011-11-11DownloadDoc
SHOW (Structured HOMgeneity Watcher) permet une utilisation souple des modeles de chaines de Markov cachees. L'utilisateur peut construire son propre modele dont les parametres peuvent ensuite etre estimes par maximum de vraisemblance avec l'algorithme EM. Le modele peut alors servir a faire des predictions avec l'algorithme forward-backward (posterior decoding) ou avec l'algorithme de Viterbi. Il peut aussi servir a simuler des sequences. SHOW implemente aussi un detecteur de genes bacteriens. L'utilisateur n'a alors pas a se soucier du modele ni des parametres. SHOW a deja servi a annoter des genomes complets publies.

Remarque
Run Unix # show_viterbi # show2mugen.plRun Web #

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SIMPA

1.0DownloadDoc
SIMPA est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines. 3 états sont pris en considération : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b) et les structures apériodiques (C). Ce programme est basé sur la notion de "nearest neighbor". Il fournit un résultat Q3 de 67%.

Remarque
Run Unix # Run Web #

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SPiD

2.1DownloadDoc
Subtilis Protein interaction Database

Remarque
Run Unix # Run Web # http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/spid/index.cgi