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Présentation

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Missions et activités de la plateforme

La plateforme opérationnelle MIGALE existe depuis 2003 au sein de l'unité MIG. Elle a pour vocation de fournir des services à la communauté des sciences de la vie. Cette plateforme fait partie du réseau national des plate-formes de bioinformatique et constitue avec huit autres plateformes de la région parisienne (Génoscope CEA, FP4 Pasteur, Bioinfo Curie, URGI, e-Bio Paris-11, RPBS Paris 7, Genatlas Paris 5) le pôle régional APLIBIO (Alliance des PLateformes d'Ile-de-France pour la BIOinformatique). APLIBIO est l'un des six pôles régionaux de l'infrastructure nationale de service en bioinformatique : l'Institut Français de Bioinformatique (IFB).

La plateforme bioinformatique regroupe un ensemble de ressources dédiées à la bioinformatique. Ces ressources regroupent à la fois des outils développés par l'unité MIG et les outils mis à disposition par la communauté. La plateforme propose également les collections de banques et de bases de données biologiques génériques ou thématiques.

Les missions de la plateforme

La plateforme bioinformatique MIGALE propose trois types de services.

  1. Infrastructure informatique dédiée au traitement des données des sciences de la vie

La première offre de service concerne la mise à disposition d'une infrastructure informatique pour traiter les données produites par les sciences de la vie. Cette activité implique :

  • le déploiement de moyens matériels informatiques (CPU, stockage, mémoire vive, réseau, etc.).
  • la mise à disposition de collections de données avec le déploiement d'un système d'information constitué de banques et bases de données. Ce système convertit et indexe des données brutes afin de les rendre utilisables par les utilisateurs et les applications métiers (projet d'annotations, interface de navigation, ...).
  • la mise en ligne d'outils bioinformatiques nécessaires aux différents traitements.

Les prestations de la plateforme MIGALE sont principalement à destination de l'ensemble des agents de l'institut. Les utilisateurs INRA sont répartis sur l'ensemble du territoire, même si une majorité est localisée en Ile-de-France. La plateforme MIGALE étant labellisé par IBiSA (GIS Infrastructure en Biologie et Santé) doit également être ouverte aux autres organismes de recherche (CNRS, Université, ...) et plus globalement à l'ensemble de la communauté scientifique.

Actuellement la plateforme MIGALE dispose de serveurs, de capacité de stockage, d'un cluster de calcul, d'une salle informatique sécurisée et d'une salle de formation.

La plateforme compte plus de 350 utilisateurs identifiés (c'est-à-dire disposant d'une compte sur les machines). Ce chiffre a triplé depuis l'origine. L'ensemble de ces activités, ainsi que les ressources mises à disposition, ont contribué à l'obtention du label Plateforme Opérationnelle de Bioinformatique RIO (Réunion Inter-Organismes) en novembre 2006 et IBiSA depuis 2010. La plateforme est aussi labellisée plateforme stratégique par l'INRA.

  1. Diffusion d'un savoir-faire en bioinformatique

Cette seconde activité s'articule autour :

  • de la formation à l'utilisation des outils de bioinformatique et de biostatistique. Douze modules de formation sont proposés chaque année aux utilisateurs. En moyenne, environ 120 personnes sont formées chaque année.
  • d'une activité conséquente d'assistance aux utilisateurs nécessaire à une bonne utilisation des services offerts par la plateforme MIGALE. Plus généralement une activité de conseil et d'expertise s'est développée autour des problématiques de gestion de données, ou de calcul parallèle.
  1. Conception et développement d'applications

Cette dernière activité s'intéresse au traitement et à l'analyse des données selon trois axes :

  • conception et développement de logiciels / bases de données pour répondre à des besoins particuliers des biologistes sur leurs projets de recherche (mini-projet),
  • développements technologiques : mise en place ou réalisation et maintenance d'applications et/ou de bases de données qui auront été jugées utiles à la communauté scientifique dans son ensemble,
  • mise en place d'interfances conviviales pour l'utilisation des outils développés dans l'unité MIG ainsi que des outils de la communauté scientifique qui sont fréquemment utilisés.

Ces différentes activités nécessitentn un large spectre de compétences comme la gestion de projet, l'administration système, la conception de modèles de données ou le développement.

Interactions avec les utilisateurs

La plateforme dispose d'un Comité Scientifique des Utilisateurs composé de représentants des différentes entités utilisatrices de la plateforme. Ce lieu d'échange permet à la fois de présenter des solutions à des problèmes soulevés par les utilisateurs, et d'être à l'écoute des besoins récurents. Ce comité se réunit une fois par an. Les utilisateurs peuvent également s'inscrire à la liste de diffusion user-migale: http://listes.inra.fr/sympa/info/user-migale

Le personnel de la plateforme

Les anciens