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Qualité

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Le CATI CATG

Le CATI CATG (Centre d’Analyse et de Traitement pour la Génomique) a pour socle la plateforme opérationnelle MIGALE qui existe depuis 2003 au sein de l’unité MIG, et a pour vocation de fédérer les personnes proposant des services de traitement (intégration et développement logiciel) et de gestion des données pour les biologistes. Le CATI CATG propose deux types de missions.

Infrastructure pour le calcul scientifique

  • La mise à disposition de données avec le déploiement d’un système d’information constitué de banques et bases de données. Ce système convertit et indexe des données brutes afin de les rendre utilisables par les utilisateurs et les applications métiers (projet d’annotations, interface de navigation…).
  • La mise en ligne d’outils nécessaires aux différents traitements.
  • Le déploiement d’une infrastructure de calcul.

Les prestations du CATI CATG sont à destination de l’ensemble des agents de l’institut. Les utilisateurs INRA sont répartis sur l’ensemble du territoire, même si une majorité est localisée en Ile-de-France. Le CATI CATG est également ouvert aux autres organismes de recherche (CNRS, Université…) et plus globalement à l’ensemble de la communauté scientifique.

Savoir faire en bioinformatique

  • La formation à l’utilisation des outils de bioinformatiques et de biostatistiques. Quatorze modules de formations sont proposés chaque année aux utilisateurs.
  • Une bonne utilisation des services offerts par le CATI nécessite une activité conséquente d’assistance aux utilisateurs. Plus généralement une activité de conseil et d’expertise s’est développée autour des problématiques de gestion de données, ou de calcul parallèle.
  • La conception et le développement d’applications pour le traitement et l’analyse des données.

Ces différentes activités nécessitent un large spectre de compétence comme la gestion de projet, l’administration système, la conception de modèles de données ou le développement.

La plateforme opérationnelle MIGALE

La plateforme de bioinformatique MIGALE est attachée à l’unité MIG et au CATI CATG. Cette plateforme est intégrée au réseau national des plates-formes de bioinformatique et constitue avec 8 autres plateformes de la région parisienne (Génoscope CEA, FP4 Pasteur, Bioinfo Curie, URGI, e-Bio Paris-11, RPBS Paris 7, Genatlas Paris 5) la plateforme APLIBIO (Alliance des PLateformes d’Ile-de-France pour la BIOinformatique).

Actuellement la plate-forme dispose de :

  • 50 To de disques,
  • 15 serveur, 
  • un cluster de calcul d’environ 400 processeurs d'une puissance totale de 3 Tflops/s,
  • une salle informatique sécurisée,
  • une salle de formation.

La plate-forme compte près de 250 utilisateurs identifiés (c'est-à-dire disposant d'un compte sur les machines). Ce chiffre a plus que doublé depuis l'origine, il y a 5 ans. L’ensemble de ces activités, ainsi que les ressources mises à la disposition, ont contribué à l’obtention du label Plateforme Opérationnelle de Bioinformatique RIO/IBiSA (Réunion Inter-Organismes) en novembre 2006 et IBISA depuis 2010.

Pour la clarté de la suite du document nous parlerons du périmètre de la qualité sous le nom de plateforme MIGALE-CATG, qui regroupe le CATI et la plateforme opérationnelle MIGALE.