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Accès aux ressources de la plateforme MIGALE

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Modalité d'accès à la plateforme MIGALE.

Les ressources

La plateforme propose différentes méthodes d'accès aux ressources

  • Tout d'abord un accès en ligne via le WEB  pour l'ensemble de la communauté. Cet accès concerne plus particulièrement des bases de données en ligne  (MICADO, MOSAIC, PROSE) ou des outils comme FROST ou Blast. Aucun compte n'est nécessaire pour utiliser ces outils ou bases de données.
  • La plateforme propose également un accès par  compte sécurisé via le serveur migale à plus de 350 outils de bioinformatique utilisables en ligne de commande sous Linux.
  • Certains de ces outils utilisables en ligne de commande sont aussi accessibles via l'interface Galaxy.
  • L'accès à un cluster de calcul utilisable dans le cadre de collaborations avec l'unité MIG.

L'ensemble de ces ressources est disponible via les annuaires outils et bases de données.

Comment accèder aux ressources

L'accès aux ressources peut se faire de plusieurs manières en fonction du type d'application utilisée. Pour les ressources WEB en libre service, aucun compte n'est nécessaire. Pour accéder au serveur migale il est nécessaire de faire une demande de compte. Si vous disposez déjà d'un compte et que vous souhaitez le réactivez, prenez contact avec help.migale@jouy.inra.fr

Demande de compte

L'accès au serveur principal migale et aux ressources hébergées (EMBOSS, Staden, phred...) nécessite un compte utilisateur. Toute demande de compte doit se faire via ce formulaire

Méthodes de connexions via un compte sécurisé au serveur migale

L'utilisation d'outils reposant sur le protocole SSH est obligatoire.

Logiciels à utiliser pour se connecter via SSH :

  • Sous Windows, il faut installer le client SSH putty , documentation d'installation : voir http://migale.jouy.inra.fr/?q=documents),
  • Sous Mac OS X et Linux, utilisez la commande ssh en tapant :ssh -Y votre_login@migale.jouy.inra.fr
  • Vous pouvez aussi utiliser un environnement graphique comme Exceed ou Cygwin. Nous conseillons Cygwin pour sa simplicité et sa gratuité. Une documentation d'installation de Cygwin est disponible afin de vous aider.

Logiciels à utiliser pour transférer des fichiers (SCP basé sur SSH est obligatoire pour les sites distants) entre votre poste de travail et le serveur :

  • Sous Linux, utilisez la commande rsync en tapant :rsync -av repertoire_ou_fichier_a_transferer votre_login@migale.jouy.inra.fr:/repertoire_de_destination
  • Sous Windows, WinSCP est une très bonne alternative au classique protocole FTP. (conseils d'installation/utilisation)

  • Sous Mac OS X, vous trouverez l'équivalent en utilisant Fugu.