| Version | MAJ | DOMIRE | ||
| - | 2014-01-20 | Download | Doc |
(DOMain Identification from REcurrence) is a server using VAST (Vector Alignment Search Tool, protein 3D structure comparison) to define the domain boundaries in proteins from their 3 D structures (Tai et al, 2010). It provides also a list of structural neighbours.
Remarque
| Run Unix # | Run Web # http://genome.jouy.inra.fr/domire |
| Version | MAJ | frost | ||
| 0.4.3 | 2002-05-01 | Download | Doc |
Outils de reconnaissance de repliement
Remarque
| Run Unix # | Run Web # http://genome.jouy.inra.fr/frost |
| Version | MAJ | GenomeThreader | ||
| 1.6.0 | 2013-03-12 | Download | Doc |
GenomeThreader is a software tool to compute gene structure predictions. The gene structure predictions are calculated using a similarity-based approach where additional cDNA/EST and/or protein sequences are used to predict gene structures via spliced alignments. GenomeThreader was motivated by disabling limitations in GeneSeqer, a popular gene prediction program which is widely used for plant genome annotation.
Remarque
| Run Unix # gth [option ...] -genomic file [...] -cdna file [...] -protein file [...] | Run Web # |
| Version | MAJ | mole | ||
| 1.2 | 2011-05-12 | Download | Doc |
Program MOLE is an universal toolkit for rapid and fully automated location and characterization of channels, tunnels and pores in molecular structures. The core of MOLE algorithm is a Dijsktra path search algorithm, which is applied to a Voronoi mesh. MOLE is a powerful software (overcomming some limitations of CAVER tool) for exploring large molecular channels, complex networks of channels and molecular dynamics trajectories (AMBER ascii traj and parm7 are supported) in which analysis of a large number of snapshots is required.
Remarque
| Run Unix # Mole.exe | Run Web # |
| Version | MAJ | SIMPA | ||
| 1.0 | Download | Doc |
SIMPA est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines. 3 états sont pris en considération : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b) et les structures apériodiques (C). Ce programme est basé sur la notion de "nearest neighbor". Il fournit un résultat Q3 de 67%.
Remarque
| Run Unix # | Run Web # |
| Version | MAJ | VAST | ||
| Download | Doc |
Programme de comparaison et d'alignement des structures 3D des protéines. VAST est basé sur une procédure en 2 étapes. Dans la première étape on utilise une description simplifiée des protéines où les éléments de structure secondaire sont représentés par des vecteurs. Le but de cette première étape est de trouver le sous-ensemble des vecteurs qui se superimposent au mieux entre les 2 structures. La significativité du résultat est évaluée en calculant la probabilité d'observer cette superimposition juste par chance. Dans la seconde étape on revient à une description atomique des structures 3D en décrivant la chaîne polypeptique par les positions des CA de chaque résidu. L'objectif de cette seconde étape est d'établir une correspondance univoque (alignement) entre les CA jouant le même rôle dans les 2 structures. On cherche à obtenir l'alignement contenant les plus de paires de CA et le rmsd (root mean square deviation) le plus faible. Pour ce faire l'algorithme est amené à répondre à des questions comme : quel alignement, l'un comprenant 100 paires de CA et ayant un rms de 3 A, et l'autre comprenant 60 paires de CA et un rms de 2 A est le meilleur? Ce problème est résolu en considérant l'alignement qui a la probabilité la plus faible d'être généré par hasard.
Remarque
| Run Unix # | Run Web # |
| Version | MAJ | xplor-nih | ||
| 2.30 | 2012-02-08 | Download | Doc |
X-PLOR is a program system for computational structural biology. X-PLOR stands for exploration of conformational space of macromolecules restrained to regions allowed by combinations of empirical energy functions and experimental data. But it also stands for exploration of modern concepts of structured programming in macromolecular simulation.
Remarque
| Run Unix # xplor | Run Web # |
