Banques de données

Banques de données

La plateforme propose un certain nombre de banques de données dites « généralistes » mais également sur demande des utilisateurs des banques plus dédiées à leur thématique (http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/install-banque).

Toutes ces banques étant publiques nous les mettons à disposition de tous afin d’éviter à chacun de télécharger les mêmes banques et par conséquent d’augmenter le volume de stokage.

Elles sont consultables au travers de l'interface BioMAJ Watcher.

Processus de mises à jour

L'ensemble du processus de mise en ligne des données de la plateforme est supervisé par le moteur de WorkFlow BioMAJ. Les informations sur les dernières mises à jour sont accessibles en ligne.

Les banques sont téléchargées depuis les sites « originaux » à fréquences régulières. Elles sont ensuite formatées et indexées pour pouvoir être utilisées par l'ensemble des outils de la plateforme (fasta, blast...).

En cliquant sur le nom d'une banque depuis l'interface, apparaissent différentes informations sur celle-ci (dernière mise à jour  « Last modification », version « Release », emplacement sur migale « Production directory », adresse de téléchargement « URL », etc...

 


Dernière release des bases de données

La dernière version de la base de données  Prose s'appuyant sur les données d'Uniprot date du 15 février 2016 - Uniprot release 2016_02 - (Swiss-Prot release 2016_02 (15-Feb-2016) - Trembl release 2016_02 (15-Feb-2016)). La prochaine version sera celle du 2016_07_25 (à venir).

La dernière version de la base de données relationnelle Micado consacrée aux génomes microbiens et s'appuyant sur les données de Genbank  date de septembre 2014. La prochaine version sera la 213, cela comprendra la mise à jour des séquences Genbank, des séquences Genome-reviews et de la taxonomie (en cours).

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