Projet
IGV (Integrative Genomics Viewer) [1] est un outil graphique écrit en Java très efficace pour visualiser et explorer facilement une très grande variété de données génomiques, mais sur un seul génome à la fois. Or pour des besoins de génomique compa rative, il peut-être très utile d'observer différents types de données simultanément sur plusieurs génotypes.
Dans le cadre du projet BioDataCloud (Programme des Investissements d'Avenir), une collaboration entre la plateforme INRA Migale et l'entreprise Biogemma a été mise en place pour répondre à ce besoin. Conformément au cahier des charges établi par Biogemma, nous avons ajouté une nouvelle fonctionnalité à IGV permettant un "saut" vers un nouveau génotype à partir de différents types de données (gènes, régions dans la séquence génomique, marqueurs génétiques) sélectionnés par l'utilisateur sur le génome de référence. Ce saut se traduit par l'ouverture d'une nouvelle fenêtre IGV sur les données sélectionnées à condition qu'elles soient disponibles sur le nouveau génotype. Cette fenêtre conserve toutes les fonctionnalités d'IGV et se synchronise simultanément avec la fenêtre principale. Tous les sauts peuvent être sauvegardés dans un fichier session d'IGV ce qui permet de restaurer rapidement les génotypes et les données utilisés ou de les partager avec d'autres utilisateurs. Grâce à cette nouvelle fonctionnalité, l'utilisateur peut désormais comparer différents génotypes avec le génome de référence et naviguer entre eux de façon synchronisée tout en conservant les performances d'IGV.
Le nombre de sauts réalisables et donc de génotypes observables simultanément ne dépend que des capacités matérielles utilisées, notamment en mémoire vie, et de la disponibilité des données correspondantes. Le déploiement de cette nouvelle version d'IGV dans une machine virtuelle du cloud de l'IFB, l'appliance BioDataCloud-IGV, garantit donc un gain certain en performance et accessibilité.
[1] Helga Thorvaldsdóttir, James T. Robinson, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Briefings in Bioinformatics 14, 178- 192 (2013).
Lancement
Pour lancer l'application depuis Migale, tapez simplement:
$ igv-bdc
Distribution Binaire
Vous pouvez téléchargez les fichiers exécutables : ici.
Code source
Vous pouvez télécharger le code source de l'application: ici
Ou directement sur GitHub: https://github.com/mlfranchinard/IGV
Documentation
Vous pouvez télécharger le manuel d'utilisation de l'application: ici
Saut du genome Brassica Rapa vers Brassica Napus
2 fenêtres IGV synchronisées: Brassica Rapa et Brassica Napus
