Frequently Asked Questions - Migale

La commande "tar" permet d'archiver plusieurs fichiers ou tout le contenu d'un dossier (répertoire), en un seul fichier unique.

Exemple :

tar zvcf mon_archive.tar.gz mon_dossier_a_archiver

Dans cet exemple l'archive est également compressée (gzip). Par convention on note .tar pour signaler qu'il s'agit d'une archive et .gz pour indiquer que le fichier a été compressé avec gzip.

Ensuite vous pouvez supprimer le dossier mon_dossier_a_archiver.

Pour décompresser cette archive, il suffit de taper la commande suivante :

tar vxfz mon_archive.tar.gz

ainsi on retrouve l'intégralité du dossier mon_dossier_a_archiver que l'on avait précédemment (le dossier est recréé).

Usage

tar <operation> [options]

    Operations :
        -c = create
        -x = extract
    Options :
        -v = verbose
        -f = file
        -z = gzip

Et pour obtenir plus d'informations

man tar

L'augmentation constante de la volumétrie des données déposées sur la plateforme entraine une charge de plus en plus importante de la gestion des sauvegardes. Par conséquent dans un délai relativement court, il ne va plus être possible de sauvegarder l'ensemble de vos données. C'est pourquoi nous vous conseillons dans un premier temps d'archiver autant que possible vos répertoires.

Les services de la plateforme MIGALE sont ouverts et accessibles sans compensation financière. Dans le cas où certains travaux utilisant des ressources de la plateforme (calcul, stockage, ressources humaines...) mèneraient à une publication scientifique, nous vous demandons en contrepartie de citer ou de remercier la plateforme dans les remerciements.

Nous proposons trois modèles de citations en fonction du contexte :

Citation générique

"We are grateful to the INRA MIGALE bioinformatics platform (http://migale.jouy.inra.fr) for providing help and support"

Utilisation des ressources de calcul

"We are grateful to the INRA MIGALE bioinformatics platform (http://migale.jouy.inra.fr) for providing computational resources"

Exemple pour un projet associant plus directement un ou des membres de la plateforme (mini-projet...)

"We are grateful to Martin V., Xxxxx Y. from the INRA MIGALE bioinformatics platform (http://migale.jouy.inra.fr) for providing help and support."

L'espace sur lequel vous essayez d'écrire est saturé. Voici la commande à utiliser pour vérifier ce point précis dans la plupart des cas de figures.

# df |grep 100%

diamant:/home/papha    61G   61G  145M 100% /home/papha
diamant:/home/virim    81G   80G  137M 100% /home/virim

La seule solution consiste soit à supprimer des fichiers, soit à demander une augmentation de la volumétrie. Il faut noter qu'il s'agit d'un espace commun à l'ensemble de l'unité.

A help.migale_AT_jouy.inra.fr

Lors d'une connexion via le protocole SSH, un message d'erreur s'affiche au sujet d'un changement de clé SSH.
The RSA host key for topaze has changed, and the key for the according IP address 138.102.22.1
has a different value. This could either mean that DNS SPOOFING is happening
or the IP address for the host and its host key have changed at the same time.
Offending key for IP in
/home/urlga/meriem/.ssh/known_hosts:1

@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
It is also possible that the RSA host key has just been changed.
The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
28:75:3b:84:3a:c3:d7:24:f7:a5:0f:e0:a2:a6:d7:79.
Please contact your system administrator.
Add correct host key in /Users/pierreboudinot/.ssh/known_hosts to get rid of this message.

Offending key in /Users/pierreboudinot/.ssh/known_hosts:2
RSA host key for 138.102.22.1 has changed and you have requested strict checking.
Host key verification failed.

Ce type de messages intervient le plus souvent après une mise à jour de la version de SSH sur le serveur. Il faut alors supprimer la ligne dont le numéro est indiqué dans le message d'erreur du fichier $HOME/.ssh/known_hosts
La suppression du fichier $HOME/.ssh/known_hosts peut aussi être une solution si l'on a pas accès à un éditeur de texte par exemple.
# rm -f $HOME/.ssh/known_hosts

Le changement s'opère en se connectant sur le serveur migale et en utilisant la commande "passwd" :

#> passwd

Entrez votre mot de passe actuel

#> Enter login(LDAP) password:

Taper votre nouveau mot de passe

#> New UNIX password:

Retaper votre nouveau mot de passe

#> Retype new UNIX password:

Le nouveau mot de passe est validé

#> passwd: all authentication tokens updated successfully.

• • R'MES User Guide
  • Le manuel d'utilisation de AnovArray
  • Utilisation avancée de PSI-BLAST
  • Guide d'utilisation du debugeur pour PERL

• • La dernière version installée sur la plateforme de BLAST 2.x
  • Findtarget
• Logiciels pour se connecter à partir de Windows sur la plateforme
  • MOBAXTERM : client SSH en moge graphique
  • PUTTY : client Telnet/SSH en ligne de commande
  • CYGWIN : émulateur environnement complet Linux sous Windows
  • WINSCP : transfert de données