Frequently Asked Questions - Scripting & Développement

Voici un site qui répondra à toutes vos questions concernant ce sujet.

Les fichiers seront sauvegardés avec l'extension .bak, ce qui permet de revenir en arrière.

 #perl -pi.bak -e 's#ATTCTT#GGTAT#g' *.seq

Il existe à minima 2 modules permettant d'éxécuter du code R sans passer par des appels de type system() depuis un programme PERL. Le premier RSperl n'est pas encore installé sur migale. Le second, Statistics::R, dont on trouvera un exemple ci-desous permet de répondre à certains besoins.

 #!/usr/bin/perl -w
 
 #CALCUL DE LA BINOMIALE SOUS R A PARTIR DE PERL
 use strict;
 use Statistics::R;
 
 my ($R, $var, @out);
 $R=Statistics::R->new();
 $R->startR;
 
 # taper q pour 1 commande, et qq pour deux commandes,
 # bien noter les guillemets à l'envers,
 # faire le print dans R si on veut récupérer la sortie
 $R->send(qq`x=pbinom(4, 9, 0.5) \n print(x)`);
 
 # read récupère la dernière sortie de R
 @out=split(/ /,$R->read);

 # dans mon cas la ligne R commence par [1],
 # d'où le besoin du splitprint "ici $out[1] \n";
 # et on peut même passer des variables en arguments dans R
 $var=9;
 $R->send(qq`x=pbinom(5, $var, 0.5) \n print(x)`);
 @out=split(/ /,$R->read);
 print "la $out[1] \n";
 $R->stopR();

La chaîne adm3 sera substituée à la chaîne adm dans tous les fichiers *.html depuis le répertoire courant.

 #find . -name \*.html -exec perl -pi -e 's/adm/adm3/' \{} \;