un moteur de recherche basé sur l'outil de comparaison Blast
Findtarget : un outil de comparaison génomique pour les micro-organismes
Findtarget est un outil de comparaison génomique qui permet de cibler des gènes d'intérêts chez un micro-organisme dont le génome est séquencé. Cet outil compare les contenus protéiques des génomes microbiens avec BLAST. (Findtarget: software for substractive genome analysis. Microbiology. 2001, 147:2643-2649)
On peut ainsi à partir d'un génome source (Query), à la fois identifier les gènes communs avec un ensemble de génomes constituant la référence, mais aussi les gènes absents dans une autre famille de génomes constituant l'exclusion.
Findtarget a été utilisé au sein de l'unité FLEC dans le cadre de projet de génomique comparative afin d'identifier des gènes potentiels de l'adaptation de Lactobacillus sakei au milieu carné, gènes qui s'avèrent absents chez d'autres bactéries lactiques plus spécifiques du milieu laitier. Dans un autre cadre, une équipe de l'URLGA a utilisé findtarget pour obtenir les listes de gènes d' Enterococcus faecalis, homologues ou absents de certains génomes microbiens choisis selon des critères de pathogénie ou d'innocuité. De la même façon, une équipe de l'UEPSD utilise FindTarget dans le but d'identifier des gènes de bactéries de la flore intestinale impliqués dans la conversion de constituants alimentaires.
Ce logiciel a été developpé par l'institut Pasteur. A l'origine, une licence a été octroyée à l'unité FLEC, et ensuite élargie pour une utilisation globale sur le site de Jouy. Actuellement, deux autres unités josaciennes l'utilisent (URLGA et UEPSD), ainsi que l'unité de microbiologie et génétique moléculaire de Grignon.
L'accès est organisé par unité de recherche. Ainsi, les "Query" peuvent faire l'objet d'une personnalisation, avec par exemple le dépot de génomes confidentiels avec demande d'authentification.
Version de démonstration (public)
- Bacilus Subitilis Démo en ligne
Accès aux génomes par unité de recherche (intranet)
- Unité FLEC Flore lactique et environnement carné
- Unité GM Génétique Microbienne
- Unité UEPSD Ecologie et physiologie du système disgestif
- Unité MGM (Grignon) Microbiologie et génétique moléculaire
- Unité URLGA Recherches laitières et génétique appliquée
- Unité STLO (Rennes) Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf
- Unité BIOBAC Biochimie Bactérienne
Documentation et aide en ligne
- Manuel d'utilisation en anglais
- Les versions des génomes en ligne pour la version "demo".
Legend : "*" = complete genome
