Les outils présentés ici sont parmi les plus couramment utilisés en bioinformatique génomique et protéomique
Des logiciels publiques sont à la disposition des projets de recherche et des utilisateurs. Ils sont tous accessibles en ligne de commande depuis le serveur migale. Dans cette configuration il est nécessaire de disposer d'un compte linux. Certains outils sont accessibles à travers une interface web.
Les outils sont référencés dans un annuaire afin de de disposer d'une vue d'ensemble et de liens vers les documentations respectives. La suite logicielle EMBOSS regroupe, à elle seule près de 300 applications différentes. Les outils les plus classiques sont bien sûr en ligne (BLAST, FASTA, CLUSTAL..). En complément, la plateforme héberge les outils développés par l'unité MIG dans le cadre de projet comme la chaîne d'annotation des génomes microbiens AGMIAL, le détecteur de gènes SHOW .
Le référentiel "outils" est également interrogeable :
Un référentiel de l'ensemble des outils est interrogeable par ordre alphabétique ou par type d'utilisation. Vous pouvez aussi y trouver les outils développés à l'INRA et une version synthétique des logiciels développés par l'unité MIG. Enfin tous les outils ne rentrant pas dans les 2 catégories pécédentes : externes.
Les logiciels développés par l'unité et utilisables sur la plateforme sont consultables ici.
Autres logiciels en ligne :
-
- PARIS (Proteomic Analysis and Resources Indexation System)
- Gisil ou comment gérer ses collections de souches bactériennes
- FindTarget permet des recherches multi genomes
Si vous ne trouvez pas un outil mais que vous souhaitez pouvoir l'utiliser, vous pouvez contactez les responsables de la plateforme en utilisant le lien suivant.
