Cette rubrique a pour vocation de partager les connaissances de la plateforme Migale et de l'unité MaIAGE sur le traitement de données issues des séquenceurs nouvelle génération notamment à travers :
- des sites web de référence :
- http://seqanswers.com/ : ce site web est destiné à la communauté des NGS et propose un forum de discussion.
- http://biostar.org/ : ce site web est destiné à une communauté beaucoup plus large, celle de la bioinformatique et propose un forum de discussion.
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la mise à disposition d'une liste des différents outils présents sur la plateforme Migale.
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la mise à disposition d'une bonne partie de ces outils (assemblage, mapping,…) au travers de l'interface Galaxy
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la mise à disposition d'une foire aux questions autour des NGS.
D'autre part, il existe le PEPI Ingénierie BioInformatique et Statistique des données à haut débit (IBIS). Ce s’adresse aux personnes en charge du traitement et des analyses informatiques et statistiques des très gros volumes de données produits par les technologies à haut-débit (séquençage, métagénomique, trancriptomique, protéomique, métabolomique, ...).
Il s'agit d'échanger sur des outils, des méthodes et plus généralement des pratiques issus des disciplines bioinformatiques et statistiques, pour mieux faire face aux nouveaux défis posés par ces nouvelles approches.
Le rythme et la variété des innovations logicielles et méthodologiques rendent difficile leur évaluation sans une mise en commun des expériences et des idées des statisticiens et bioinformaticiens confrontés à ces données. Des animations «métier» et collectives sont ainsi nécessaires afin de donner à chacun une base de connaissance commune nécessaire à un dialogue approfondi autour des objets étudiés.
Voici l'URL du site web du PEPI : http://pepi-ibis.inra.fr/.
Le PEPI propose également une liste de discussion ("bioinformaticiens") sur laquelle peuvent être posées des questions autour du traitement et de l'analyse des données NGS.
Inscription sur https://listes.inra.fr/sympa/info/bioinformaticiens
