Modalités d'accès à la plateforme MIGALE.
Les ressources
La plateforme propose différentes méthodes d'accès aux ressources
- Un accès en ligne via le WEB pour l'ensemble de la communauté. Cet accès concerne plus particulièrement des bases de données en ligne (MICADO, MOSAIC, PROSE) ou des outils comme FROST ou Blast. Aucun compte n'est nécessaire pour utiliser ces outils ou bases de données.
- Un accès par compte sécurisé via le serveur migale à plus de 350 outils de bioinformatique utilisables en ligne de commande sous Linux.
- Un accès via l'interface Galaxy.
- L'accès à un cluster de calcul.
L'ensemble de ces ressources est disponible via les annuaires outils et bases de données.
Comment accèder aux ressources
L'accès aux ressources peut se faire de plusieurs manières en fonction du type d'application utilisée.
Accès libre :
Pour les ressources WEB en libre service, aucun compte n'est nécessaire. C'est le cas de bases de données en ligne (MICADO, MOSAIC, PROSE) ou des outils comme FROST ou Blast.
Acccès sécurisé par le serveur migale:
Le serveur migale vous permet d'accéder au cluster de calcul, aux banques de données et aux outils. Migale n'a pas vocation à être utilisé pour exécuter de gros calculs, pour cela merci d'utilser le cluster de calcul.
Un compte est nécessaire, faire une demande de compte (voir ci-dessous). Si vous disposez déjà d'un compte et que vous souhaitez le réactiver, prenez contact avec help-migale@inra.fr.
Un compte actif vous donne également accès à notre instance Galaxy. Elle est accessible à l'URL suivante : http://migale.jouy.inra.fr/galaxy/. Plus de détails sur notre instance Galaxy ici.
Demande de compte
Toute demande de compte doit se faire via ce formulaire
Méthodes de connexions via un compte sécurisé au serveur migale
L'utilisation d'outils reposant sur le protocole SSH est obligatoire.
Logiciels à utiliser pour se connecter via SSH :
- Sous Windows, nous vous conseillons d'installer l'application Mobaxterm qui conjuge un client SSH et un environnement graphique. Pour un usage uniquement en ligne de commande, utiliser le client SSH Putty.
- Sous Mac OS X et Linux, ouvrez un terminal et utilisez la commande ssh en tapant : ssh -Y votre_login@migale.jouy.inra.fr
Logiciels à utiliser pour transférer des fichiers (SCP basé sur SSH est obligatoire pour les sites distants) entre votre poste de travail et le serveur :
- Sous Linux, utilisez la commande rsync en tapant :rsync -av repertoire_ou_fichier_a_transferer votre_login@migale.jouy.inra.fr:/repertoire_de_destination
- Sous Windows, WinSCP ou FileZilla
- Sous Mac OS X, vous trouverez l'équivalent en utilisant Fugu.
La FAQ du serveur migale est ici
Le tuto acces au serveur migale est ici
Demander des ressources supplémentaires
Pour effectuer une demande de ressources supplémentaires (espace disque, besoins en mémoire), vous pouvez faire une demande par mail à help-migale@inra.fr. Votre demande sera évaluée dans les meilleurs délais.
