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Bienvenue sur le serveur du génome de Flavobacterium psychrophilum

Atlas fpsychrophilum

Ce site héberge un serveur (en version anglaise) dédié au génome de Flavobacterium psychrophilum JIP02/86. Flavobacterium psychrophilum est une des bactéries pathogènes les plus importantes des salmonidés d'eau douce (truite ou saumon). Sa distribution mondiale et les haut taux de mortalité qu'elle provoque sont responsable de lourdes pertes economiques dans de noubreuses fermes de salmonidés. Les traitements antibiotiques sont problématiques et il n'y a pas de vaccin disponible à ce jour. 

Le genre Flavobacterium comprend 35 espèces. Outre F. psychrophilum, deux autres espèces (F. columnare and F. branchiophilum) sont également pathogènes. Les autres espèces de Flavobacterium sont des organismes environnementaux qui sont présent dans des conditions de temperature variées, dans des conditions tropicales,modérées ou polaires (eau douce, eau de mer, sol ...). Le genre appartient à la famille Flavobacteriaceae et au phylum Bacteroidetes.

Le sequençage du génome complet de F. psychrophilum strain JIP02/86 est une étape supplémentaire du programme de recherche conduit par J.-F.
Bernardet et C. Michel sur les pathogènes de poisson du genre Flavobacterium (culture, identification,typage moléciulaire, detection par PCR, infection experimentale, ...) et sur la famille Flavobacteriaceae (taxonomie, phylogénie).

Ce projet de séquençage et d'annotation a été réalisé au sein de l'unité Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM) :

logo inra couleur petit Unité VIM à l'I.N.R.A. de Jouy-en-Josas.

La base de données génomique a été réalisée par l'unité Mathématiques, Informatique and Génomes:

mig small Unité MIG à l'I.N.R.A. de Jouy-en-Josas.

Ce site permet de réaliser des recherches sur le génome et offre des outils de comparaisons génomiques (certains sont à accès limité sous réserve de collaboration) :


E. Duchaud, M. Boussaha, V. Loux, J-F. Bernardet, C.Michel, B. Kerouault, S. Mondot, P. Nicolas, R. Bossy, C. Caron, P. Bessières, J.-F. Gibrat, S. Claverol, F. Dumetz, M. Le Hénaff and A. Benmansour

Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum.

Nature Biotechnology (2007).

Commentaires Scientifiques (Annotation)

Eric Duchaud
+33 (1) 34 65 25 88

Commentaires Scientifiques
(taxonomie et ecologie)

Jean-François Bernardet
+33 (1) 34 65 25 87

Commentaires techniques
(Site web, chaîne d'annotation Agmial)

Valentin Loux
tel: +33 (1) 34 65 28 95



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