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Foire Aux Questions - BLAST

Cette FAQ regroupe les principales questions sur BLAST.

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Cela se fait en deux étapes.

Étape 1 :Construire un index des séquences avec la commande formatdb

Sur le fichier contenant toutes les séquences de votre banque au format FASTA (disons : mes_sequences_banque.fasta)

formatdb -i mes_sequences_banque.fasta

Si tout se passe bien, trois fichiers sont générés : mes_sequences_banque.fasta.phr, mes_sequences_banque.fasta.pin et mes_sequences_banque.fasta.psq.

Étape 2 :Utilisation de cette nouvelle banque avec la commande blastpgp

Sur le fichier contenant toutes vos séquences requêtes au format FASTA (disons : mes_sequences_requetes.fasta)

blastpgp -d mes_sequences_banque.fasta -i mes_sequences_requetes.fasta

Note : dans cette dernière commande, le nom "mes_sequences_banque.fasta" ne correspond pas au fichier lui-même, mais au nom commun aux 3 fichiers générés dans l'étape 1. Le fichier banque au format fasta n'est pas utilisé par BLAST.

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Vous trouverez l'explication de l'erreur dans le fichier

blastpgp.log
ou
rpsblast.log

qui se trouve dans le repertoire à partir duquel vous avez lancé la commande.

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Cf. la réponse à la question "Comment utiliser BLAST sur ma propre banque de données ?".