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Foire Aux Questions - SeqWeb

Liste des principaux problèmes rencontrés avec la nouvelle version de SeqWeb 3.0 et leurs solutions. Il peut s'agir également de bugs déjà signalés au support GCG mais non résolus pour cette version.

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Oui en utilisant les caractères suivants : & (pour AND), | (pour OR) et ! (pour BUT NOT) comme indiqué dans l'aide en ligne.
Exemple :
En sélectionnant la database Uniprot et en mettant dans le champ AllText = "carboxylate & aminotransferase" on obtient comme résulat une seule entrée,
par contre en mettant "carboxylate | aminotransferase & lactis" on obtient 24 entrées

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Le système d'indexation des banques est relativement complexe à mettre en oeuvre sous GCG. A ce jour nous nous contentons de mettre sous lookup seulement la globalité des banques nucléiques et protéiques. Lookup reposant par ailleurs sur des index par champs, il est possible d'effectuer ce filtre dans la requête.

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Attention dans la fenêtre résultat de LookUp "LookUp Search Results" il manque systématiquement une entrée à l'affichage. Par contre, le nombre de fiches trouvé est correct mais la liste qui est affichée comporte toutes les fiches moins une !!. Il s'agit d'un bug de SeqWeb. En cliquant sur Text View, on peut visualiser l'entrée récupérée mais non affichée. Ce dysfonctionnement a été remonté au support GCG.

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Lors d'une recherche multicritère il est important de saisir les termes en les séparant par une virgule (dna,lactis,regulator), mais sans y introduire d'espace. En effet dans ce dernier cas seul le premier terme sera pris en compte et aucun message ne sera affiché au lancement. Il est malgré tout possible de vérifier dans la fenêtre résultat la requête qui a été utilisée. Un message d'avertissement serait le bienvenu. Ce dysfonctionnement a été remonté au support GCG.

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Ce dysfonctionnement a été remonté au support GCG.

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Le résultat de la commande FindPatterns n'affiche que la position où a été trouvé le pattern mais autres informations (contrairement à la version précédente ou à la version en ligne de commande).

Ce dysfonctionnement a été remonté au support GCG. Un correctif sera apporté dans la prochaine version de SeqWeb.

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Cette fenêtre n'apparait pas l'interface SeqWeb bien que ce soit mentionné dans l'aide. Les résultats sont désormais stockés dans le gestionnaire jobs. Un correctif sera apporté dans la prochaine version de SeqWeb.

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Les jobs non visualisé par l'utilisateur se trouve dans la section submitted. Une fois ouvert, le résultat du job bascule dans la section saved. Un job ne peut être supprimé qui si il se trouve dans saved.