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Foire Aux Questions - Migration Migale sous Linux

Cette FAQ regroupe les solutions aux différents problèmes rencontrés suite à la migration de topaze sous Linux. Les commandes à saisir sont encadrées. Le caractère # est juste présent pour représenter le prompt Linux dans ces exemples. Ne le tapez pas.

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Lors d'une connexion via le protocole SSH, un message d'erreur s'affiche au sujet d'un changement de clé SSH.
The RSA host key for topaze has changed, and the key for the according IP address 138.102.22.1
has a different value. This could either mean that DNS SPOOFING is happening
or the IP address for the host and its host key have changed at the same time.
Offending key for IP in
/home/urlga/meriem/.ssh/known_hosts:1


@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
It is also possible that the RSA host key has just been changed.
The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
28:75:3b:84:3a:c3:d7:24:f7:a5:0f:e0:a2:a6:d7:79.
Please contact your system administrator.
Add correct host key in /Users/pierreboudinot/.ssh/known_hosts to get rid of this message.

Offending key in /Users/pierreboudinot/.ssh/known_hosts:2
RSA host key for 138.102.22.1 has changed and you have requested strict checking.
Host key verification failed.

Ce type de messages intervient le plus souvent après une mise à jour de la version de SSH sur le serveur. Il faut alors supprimer la ligne dont le numéro est indiqué dans le message d'erreur du fichier $HOME/.ssh/known_hosts
La suppression du fichier $HOME/.ssh/known_hosts peut aussi être une solution si l'on a pas accès à un éditeur de texte par exemple.
# rm -f $HOME/.ssh/known_hosts

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Il faut modifier la méthode démarrage et remplacer RSH(TCP/IP) par RLOGIN(TCP/IP)

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Avec le passage sous Linux, les utilisateurs disposent d'un nouveau Shell par défaut, le BASH. Ce shell dipose de toutes les fonctions de tcsh (shell par défaut précédent) et bien plus.

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L'ensemble de l'envrionnement utilisateur est dorénavant dans le fichier .bashrc. Pour la plupart des utilisateurs cette opération est transparent. Il se peut que certains aient besoin de transferer certains alias, ou variables d'nvironnement.
Voici la nouvelle syntaxe bash pour ces 2 exemples :
# alias md="mkdir"
# export CVS_RSH=ssh

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Avec le bash, la commande pour affecter une variable d'environnement a changé
# export CONSED_HOME=/usr/local/genome

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La versions xbap de staden 1996 ne focntionne plus sous les sytèmes Linux. Actuellement il existe des solution de rechange comme seqmerge (pour des projets de faible ampleur) ou les suites STADEN (documentation au format PDF complete ou minimaliste) 1.5.3 et phrePhrap qui demanderaont par contre un investissment plus important.

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En lancant certaines applications comme consed ce message apparait :
consed_linux: /usr/local/genome/gcg-11.0/lib/libgcc_s.so.1: version `GCC_3.3' not found (required by
/usr/local/genome/arb-22-08-2003/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3)

Tapez la commande suivante :
#unset LD_LIBRARY_PATH.

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La version 3.0 de SeqWeb pour GCG 11.0 est en cours d'installation.

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La version 11.0 abandonne l'architecure VMS au profit d'une arborescence de type Unix/Linux. Pour les utilisateurs on notera plus particulièrement l'intégration des outils graphiques seqmerge (assemblage) et de clustalw(alignements multiples). De nouveaux utilitaires de manipulations de séquences (seqmanip+, seqstat+) ou de conversion de format (seqconv+) ont également été intégrés. Plus de détails sont accessibles via la documentation en ligne.

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Certaines applications peuvent se lancer en mode normal (ex: findpatterns)ou en mode étendu (findpatterns+). La seconde méthode élimine certaines contraintes comme les limites de taille des séquences et accepte des formats de fichiers différents (GenBank, EMBL, SwissProt, FASTA, PIR, EMBL, BSML) du format GCG (MSF, RSF...). Pour savoir si une commande dispose de son équivalent +, il suffit de taper la dite commande puis d'appuyer 2 fois sur la touche de tabulation. Si le mode + existe pour cette commande, le shell vous l'affichera.

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Il est nécessaire de créer un répertoire cgi-bin dans chaque public_html et d'y déplacer tous ces programmes CGI.
# mkdir /htdocs/migale/caron/public_html/cgi-bin