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Mobyle - MobyleNet

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MobyleNet

La plate-forme MobyleNet est un réseau de portails web. Son objectif est, à terme, de rendre interopérables les services spécialisés de chaque noeud, de façon transparente pour l'utilisateur et d'offrir via le web une offre de services à large spectre couvrant des aspects complémentaires de la bioinformatique.

MobyleNet

Les noeuds participants au réseau sont :

Les spécifications actuelles du projet sont :

  • L'intégration des services des noeuds sous une architecture web commune (Mobyle).
  • Rendre les services des différents sites interopérables, de façon transparente pour l'utilisateur (les services sont accessibles des différents portails sans être implémentés localement).
  • Initier sur l'ensemble des sites un large spectre d'applications, couvrant des aspects complémentaires de la bioinformatique (transcriptome, génomique, analyse de séquences, phylogénie, bioinformatique structurale, chemoinformatique).
  • Construire un réseau de confiance à partir des compétences spécifiques de chaque noeud et promouvoir une démarche qualité pour la disponibilité des services.
  • Permettre la définition de chaînes de traitement complexes (workflows) impliquant les services des différents noeuds.

Les retombées attendues sont :

  • De nouvelles possibilités pour organiser des analyses complexes du génome aux drogues, du patient aux mécanismes moléculaires.
  • Des protocoles d'annotation élargis, combinant des informations génomiques, fonctionnelles, moléculaires.
  • Une mise à disposition simple pour le non expert (accès direct du web).

 

Mobyle

Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.

Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.

L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

Un portail Mobyle est accessible via la plateforme Migale à l'adresse suivante : http://migale.jouy.inra.fr/mobyle/cgi-bin/portal.py.