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batch

Quelles sont les files disponibles ?

Il y a 4 files principales sont : short.q, long.q, infinit.q, web.q


short.q
c'est la file par défaut si aucune option n'est demandée
elle doit être utilisée pour les jobs dont la durée d'exécution est inférieure à 12 h
limites : 43% des ressources totales soit 214 slots (coeurs, sur 496 actuels), 100 slots max par utilisateur.


long.q
elle est demandée par l'option -q long.q
elle doit être utilisée pour les jobs dont la durée d'exécution est inférieure à 5 jours

Comment gérer les files d'attente (qalter) ?

Par défaut tous les jobs ont la même priorité (0) dans une file. La
politique actuelle repose une modèle de partage (Fair Share Scheduling) qui équilibre la charge sur une fenêtre glissante de 7 jours.

Pour basculer les jobs d'un utilisateur de la file courante vers une nouvelle file (newshort.q)
qalter -u martin -q newshort.q 

Comment supprimer des jobs (qdel) ?

Supprimer le job numéro 12.
qdel 12
Supprimer tous les jobs de l'utilisateur dont le login est "martin".
qdel -u martin
Forcer la suppression du job numéro 12.
qdel -f 12

Comment lister les jobs (qstat) et les ressources (qhost) disponibles ?

Afficher les noeuds de calcul disponibles et leurs ressources.
qhost



Afficher les groupes de noeuds de calcul

qconf -shgrpl



Afficher l'état des files d'attente.

qstat
qstat -u "*"
qstat -f
qstat -g c


Afficher les jobs en attente pour l'utilisateur martin
qstat -u martin -s p


Comment soumettre des jobs avec qsub ?

Pour soumettre votre script.
qsub script.sh
Soumettre un job 10 fois.
qsub -t 1-10 job.sh
Soumettre des jobs sur la file par défaut. A charge pour SGE de soumettre le job sur un noeud de calcul disponible.
qsub -q long.q sge_blast.sh
Soumission sur un noeud particulier d'une file connue
qsub -q long.q@n46 sge_blast.sh
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