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BLAST

Cette FAQ regroupe les principales questions sur BLAST.

Comment créer sa banque BLAST à partir d'un fichier FASTA ?

Cf. la réponse à la question "Comment utiliser BLAST sur ma propre banque de données ?".

Comment se fait-il que lorsque j'utilise BLAST (ou rpsblast), celui-ci quitte sans message d'erreur après avoir affiché RPS-BLAST 2.2.11 [Jun-05-2005] Searching ?

Vous trouverez l'explication de l'erreur dans le fichier

blastpgp.log
ou
rpsblast.log

qui se trouve dans le repertoire à partir duquel vous avez lancé la commande.

Comment utiliser BLAST sur ma propre banque de données ?

Cela se fait en deux étapes.

Étape 1 :Construire un index des séquences avec la commande formatdb

Sur le fichier contenant toutes les séquences de votre banque au format FASTA (disons : mes_sequences_banque.fasta)

formatdb -i mes_sequences_banque.fasta

Si tout se passe bien, trois fichiers sont générés : mes_sequences_banque.fasta.phr, mes_sequences_banque.fasta.pin et mes_sequences_banque.fasta.psq.

Étape 2 :Utilisation de cette nouvelle banque avec la commande blastpgp

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