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Migration Migale sous Linux

Cette FAQ regroupe les solutions aux différents problèmes rencontrés suite à la migration de topaze sous Linux. Les commandes à saisir sont encadrées. Le caractère # est juste présent pour représenter le prompt Linux dans ces exemples. Ne le tapez pas.

Pourquoi les CGI ne s'exécutent pas dans mon compte http://genome.jouy.inra.fr/~caron ?

Il est nécessaire de créer un répertoire cgi-bin dans chaque public_html et d'y déplacer tous ces programmes CGI.
# mkdir /htdocs/migale/caron/public_html/cgi-bin

Que signifie le + à la fin de certaines applications GCG ?

Certaines applications peuvent se lancer en mode normal (ex: findpatterns)ou en mode étendu (findpatterns+). La seconde méthode élimine certaines contraintes comme les limites de taille des séquences et accepte des formats de fichiers différents (GenBank, EMBL, SwissProt, FASTA, PIR, EMBL, BSML) du format GCG (MSF, RSF...). Pour savoir si une commande dispose de son équivalent +, il suffit de taper la dite commande puis d'appuyer 2 fois sur la touche de tabulation. Si le mode + existe pour cette commande, le shell vous l'affichera.

Quelles sont les principales nouveautés de GCG 11.0 ?

La version 11.0 abandonne l'architecure VMS au profit d'une arborescence de type Unix/Linux. Pour les utilisateurs on notera plus particulièrement l'intégration des outils graphiques seqmerge (assemblage) et de clustalw(alignements multiples). De nouveaux utilitaires de manipulations de séquences (seqmanip+, seqstat+) ou de conversion de format (seqconv+) ont également été intégrés. Plus de détails sont accessibles via la documentation en ligne.

Comment accèder à l'interface WEB de GCG : SeqWeb ?

La version 3.0 de SeqWeb pour GCG 11.0 est en cours d'installation.

Message d'erreur au lancement de consed

En lancant certaines applications comme consed ce message apparait :
consed_linux: /usr/local/genome/gcg-11.0/lib/libgcc_s.so.1: version `GCC_3.3' not found (required by
/usr/local/genome/arb-22-08-2003/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3)

Tapez la commande suivante :
#unset LD_LIBRARY_PATH.

Xbap ne fonctionne plus.

La versions xbap de staden 1996 ne focntionne plus sous les sytèmes Linux.

La commande setenv ne fonctionne plus !

Avec le bash, la commande pour affecter une variable d'environnement a changé
# export CONSED_HOME=/usr/local/genome

Mon fichier .cshrc n'est plus éxécuté.

L'ensemble de l'envrionnement utilisateur est dorénavant dans le fichier .bashrc. Pour la plupart des utilisateurs cette opération est transparent. Il se peut que certains aient besoin de transferer certains alias, ou variables d'nvironnement.
Voici la nouvelle syntaxe bash pour ces 2 exemples :
# alias md="mkdir"
# export CVS_RSH=ssh

Un nouveau shell, bash ?

Avec le passage sous Linux, les utilisateurs disposent d'un nouveau Shell par défaut, le BASH. Ce shell dipose de toutes les fonctions de tcsh (shell par défaut précédent) et bien plus.

J'utilise le mode Xstart de Exceed et la connexion ne marche plus

Il faut modifier la méthode démarrage et remplacer RSH(TCP/IP) par RLOGIN(TCP/IP)

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